Точни сведения за възникването на Разбоишкия манастир не са запазени, но монашеството в този район има дълга история. Още през средновековието скалните пещери около манастира са били заселени от монаси-отшелници. През 18-19в. възникнал и същинския манастир, като главната му църква била вградена високо в скалите и останала извън манастирския комплекс.

Според манастирското предание Разбоишкият манастир бил разрушаван три пъти, а при последното нападение монасите били изклани, а манастира плячкосан и ограбен. Тук неведнъж са отсядали Васил Левски и съратника му отец Матей Преображенски. В този район са се водили и битки по време на Сръбско-българската война.

В началото на 20в. Разбоишкият манастир запустява и чак през 1947г. в него се заселват три монахини. Те заварват стопанските постройки почти разрушени, а безценните стенописи в скалната църква - напълно унищожени. С течение на времето монахините, с помощта на живеещите в околните села хора, успяват да възстановят манастира и да реконструират скалната църква. През 2007г. умира и последната монахиня и за манастира започват да се грижат жителите от околните села.
В наши дни  в манастирът вече има приятен свещеник, който обитава и се грижи за духовната обител.